AT3G10640.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SNF7 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
VPS60.1; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Snf7 (InterPro:IPR005024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SNF7 family protein (TAIR:AT5G04850.1); Has 1147 Blast hits to 1145 proteins in 230 species: Archae - 3; Bacteria - 8; Metazoa - 447; Fungi - 307; Plants - 230; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 152 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:3323501..3324905 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26171.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 235 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRRVFGAKKN TEPPPSIQDA SDRINKRGDS VEDKIKKLDV ELCKYKEQLK KTRPGPAQEA VKARAMRVLK QKKMYEGQRD MLYNQTFNLD QVSFAAEGLK 101: DAQQTMTALK SANKELKGMM KTVKIQDIDN LQDEMMDLMD VSSEIQESLG RSYNIPDGLD EDDLMGELDA LEADMGNETE ADGMPSYLQP DTETDYDSEL 201: NLPAAPTGHN GAPHGRAQAE DEFGLPAVPR ASLRG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)