AT1G17730.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : vacuolar protein sorting 46.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes an ESCRT-related protein: CHMP1A/AT1G73030; CHMP1B/AT1G17730. CHMP1A and B mediate multivesicular body sorting of auxin carriers and are required for plant development. ESCRT: Endosomal Sorting Complexes Required For Transport machinery; CHMP: Charged Multivesicular Body Protein/Chromatin Modifying Protein. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
vacuolar protein sorting 46.1 (VPS46.1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Snf7 (InterPro:IPR005024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SNF7 family protein (TAIR:AT1G73030.1); Has 1319 Blast hits to 1319 proteins in 225 species: Archae - 2; Bacteria - 0; Metazoa - 503; Fungi - 283; Plants - 343; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 188 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:6099210..6100153 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22764.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 203 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGNTDKLMNQ IFELKFTSKS LQRQARKCEK EERSEKLKVK KAIEKGNMDG ARIYAENAIR KRSEQMNYLR LSSRLDAVVA RLDTQAKMAT ITKSMTNIVK 101: SLESSLTTGN LQKMSETMDS FEKQFVNMEV QAEFMDNAMA GSTSLSTPEG EVNSLMQQVA DDYGLEVSVG LPQPAGHAIP TKTEEKVEED DLTRRLAELK 201: ARG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)