AT1G14830.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DYNAMIN-like 1C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a dynamin-like protein that is involved in mitochondrial morphogenesis and pollen development. Protein is localized as speckles in the cytoplasm, partially co-localizes with mitochondrial markers, cell plate of dividing cells, and the tip of root hairs, root cap cells, and expanding part of trichoblasts. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
DYNAMIN-like 1C (DL1C); FUNCTIONS IN: GTP binding, GTPase activity; INVOLVED IN: mitochondrial fission, pollen maturation, mitochondrion organization; LOCATED IN: cell cortex, plasma membrane, membrane, cell plate; EXPRESSED IN: 29 plant structures; EXPRESSED DURING: 16 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Dynamin GTPase effector (InterPro:IPR003130), Dynamin, GTPase domain (InterPro:IPR001401), Dynamin, GTPase region, conserved site (InterPro:IPR019762), GTPase effector domain, GED (InterPro:IPR020850), Dynamin central region (InterPro:IPR000375); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DYNAMIN-like 1E (TAIR:AT3G60190.1); Has 2810 Blast hits to 2715 proteins in 313 species: Archae - 2; Bacteria - 34; Metazoa - 1054; Fungi - 805; Plants - 579; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 336 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:5107699..5111470 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 68726.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 614 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATMKSLIGL INKIQRACTV LGDHGGEGMS LWEALPTVAV VGGQSSGKSS VLESVVGRDF LPRGSGIVTR RPLVLQLHKT EDGTTEYAEF LHAPKKRFAD 101: FAAVRKEIED ETDRITGKSK QISNIPIQLS IYSPNVVNLT LIDLPGLTKV AVDGQPESIV QDIENMVRSY VEKPNCIILA ISPANQDIAT SDAIKLAREV 201: DPTGERTFGV ATKLDIMDKG TDCLDVLEGR SYRLQHPWVG IVNRSQADIN KRVDMIAARR KEQEYFETSP EYGHLASRMG SEYLAKLLSQ HLETVIRQKI 301: PSIVALINKS IDEINAELDR IGRPIAVDSG AQLYTILELC RAFDRVFKEH LDGGRPGGDR IYGVFDHQLP AALKKLPFDR HLSTKNVQKV VSEADGYQPH 401: LIAPEQGYRR LIDGSISYFK GPAEATVDAV HFVLKELVRK SISETEELKR FPTLASDIAA AANEALERFR DESRKTVLRL VDMESSYLTV EFFRKLHLEP 501: EKEKPNPRNA PAPNADPYSD NHFRKIGSNV SAYINMVCDT LRNSLPKAVV YCQVREAKRS LLNFFYAQVG RKEKEKLGAM LDEDPQLMER RGTLAKRLEL 601: YKQARDDIDA VAWK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)