AT4G34450.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : coatomer gamma-2 subunit, putative / gamma-2 coat protein, putative / gamma-2 COP, putative | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
coatomer gamma-2 subunit, putative / gamma-2 coat protein, putative / gamma-2 COP, putative; FUNCTIONS IN: clathrin binding, structural molecule activity, binding; INVOLVED IN: intracellular protein transport, vesicle-mediated transport; LOCATED IN: chloroplast, membrane; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Coatomer, gamma subunit, appendage, Ig-like subdomain (InterPro:IPR013040), Armadillo-like helical (InterPro:IPR011989), Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal (InterPro:IPR002553), Coatomer, gamma subunit (InterPro:IPR017106), Coatomer, gamma subunit , appendage (InterPro:IPR014863), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024), Clathrin alpha-adaptin/coatomer adaptor, appendage, C-terminal subdomain (InterPro:IPR015873), Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, appendage, C-terminal subdomain (InterPro:IPR009028), Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, appendage, Ig-like subdomain (InterPro:IPR013041); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: structural molecules (TAIR:AT2G16200.1); Has 1647 Blast hits to 1638 proteins in 222 species: Archae - 2; Bacteria - 2; Metazoa - 707; Fungi - 446; Plants - 176; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 314 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:16471956..16476795 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 98496.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 886 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAQPLVKKDD DHDDELEYSP FMGIEKGAVL QEARVFNDPQ VDPRRCSQVI TKLLYLLNQG ESFTKVEATE VFFSVTKLFQ SKDTGLRRMV YLIIKELSPS 101: SDEVIIVTSS LMKDMNSKID MYRANAIRVL CRIIDGTLLT QIERYLKQAI VDKNPVVSSA ALVSGLHLLK TNPEIVKRWS NEVQEGIQSR SALVQFHALA 201: LLHQIRQNDR LAVSKLVGSL TRGSVRSPLA QCLLIRYTSQ VIRDMANHGQ SGERPFYEFL ESCLRHKAEM VILEAARAIT ELDGVTSREL TPAITVLQLF 301: LSSPRPVLRF AAVRTLNKVA MTHPMAVTNC NIDMESLISD QNRSIATLAI TTLLKTGNES SVERLMKQIT NFMSDIADEF KIVVVDAIRS LCVKFPLKYR 401: SLMTFLSNIL REEGGFEYKR AIVDSIVTII RDIPDAKESG LLHLCEFIED CEFTYLSTQI LHFLGIEGPN TSDPSKYIRY IYNRVHLENA TVRAAAVSTL 501: AKFGFMVESL KPRITVLLKR CIYDSDDEVR DRATLYLSVL GGDGTVDTDK ESKDFLFGSL EVPLVNMETS LKNYEPSEEA FDINSVPKEV KSQPLAEKKA 601: QGKKPTGLGA PPAAPASGFD GYERLLSSIP EFAAFGKLFK SSLPVELTEA ETEYAVNVVK HIFDSHVVFQ YNCTNTIPEQ LLERVNVIVD ASEAEEFSEV 701: TSKALNSLPY DSPGQAFVVF EKPAGVPAVG KFSNTLTFVV KEVDPSTGEA EDDGVEDEYQ LEDLEVVAGD YMVKVGVSNF RNAWESMDEE DERVDEYGLG 801: QRESLGEAVK AVMDLLGMQT CEGTETIPLN ARSHTCLLSG VYIGNVKVLV RAQFGMDSSK DIAMKLTVRA EDVSVAEAIH EIVASG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)