AT1G62020.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.963 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Coatomer, alpha subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Coatomer, alpha subunit; FUNCTIONS IN: structural molecule activity, transporter activity; INVOLVED IN: intracellular protein transport, vesicle-mediated transport, ER to Golgi vesicle-mediated transport; LOCATED IN: COPI vesicle coat, plasma membrane, CUL4 RING ubiquitin ligase complex, membrane; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat 2 (InterPro:IPR019782), Coatomer, WD associated region (InterPro:IPR006692), WD40 repeat, conserved site (InterPro:IPR019775), Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, C-terminal haem d1 (InterPro:IPR011048), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), G-protein beta WD-40 repeat, region (InterPro:IPR020472), WD40 repeat-like-containing domain (InterPro:IPR011046), WD40-repeat-containing domain (InterPro:IPR017986), WD40/YVTN repeat-like-containing domain (InterPro:IPR015943), Coatomer, alpha subunit (InterPro:IPR016391), WD40 repeat, subgroup (InterPro:IPR019781), Coatomer, alpha subunit, C-terminal (InterPro:IPR010714); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Coatomer, alpha subunit (TAIR:AT2G21390.1); Has 77998 Blast hits to 29937 proteins in 781 species: Archae - 58; Bacteria - 8535; Metazoa - 32327; Fungi - 16718; Plants - 10020; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 10340 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:22919814..22923728 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 136574.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1216 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MLTKFETKSN RVKGLSFHPK RPWILASLHS GVIQLWDYRM GTLIDRFDEH EGPVRGVHFH NSQPLFVSGG DDYKIKVWNY KNHRCLFTLL GHLDYIRTVQ 0101: FHHEYPWIVS ASDDQTIRIW NWQSRTCVSV LTGHNHYVMC ASFHPKEDLV VSASLDQTVR VWDIGALRKK TVSPADDIMR LTQMNSDLFG GVDAIVKYVL 0201: EGHDRGVNWA AFHPTLPLIV SGADDRQVKL WRMNETKAWE VDTLRGHMNN VSSVMFHAKQ DIIVSNSEDK SIRVWDATKR TGLQTFRREH DRFWILAVHP 0301: EMNLLAAGHD SGMIVFKLER ERPAFALSGD SLFYAKDRFL RYYEYSTQRD SQVIPIRRPG TPSLNQSPRT LSYSPTENAV LICSDLDGGS YELYIIPKDS 0401: VGRSDVVQDA KRGTGGSAVF IARNRFAVLE KSTSQVLVKN LKNEVVKKSP LPIPTDAIFY AGTGNLLCRS EDKVVIFDLQ QRLVLGELQT PFVRYVVWSS 0501: DMESVALLSK HTIIIASKKL VLQCTLHETI RVKSGAWDDN GVFIYTTLNH IKYCLPNGDS GIIRTLDVPI YITKVSGNTI FCLDRDGKNK AITINATEYI 0601: FKLSLLRKRY DHVMSMIKNS QLCGQAMIAY LQQKGFPEVA LHFVEDERIR FNLALESGNI SVAVASATQI NEKDHWYRLG VEALRQGNSG IVEFAYQQTK 0701: NFERLSFLYL ITGNLDKLSK LMKIAEVKNN VMGQFHNALY LGDVKERVKI LENAGHLPLA YITASVHGLN DIAERLATEL GDNVPSLPEG KTPSLLMPPT 0801: PIMCGGDWPL LRVMKGIFEG GLESADRGGT VDEEDVEGDW GEELDINVDG MENRDIEDIL AAAEAGEEEN DEEGGWGLED LVLPPELDTP KASANARSSV 0901: FVTPPQGMPV SQSWSQKSSL AAEQAAAGSF DTAMRLLHRQ LGIKNFTPLK SMFLDLFNGS HSYLRAFSSC PVVPLAIERG WSESSSPNVR SPPALVYDFS 1001: QLDEKLKSGY KATTTGKFTE ALRLFLSILH TIPLVVVETR REVDEVKELI VIVKEYVLGL QMELKRREMK DDPVRQQELA AYFTHCNLQT PHLRLALLSA 1101: MGVCYKAKNL ATASNFARRL LETSPVDSQA KMARQVVQAA ERNMTDETKL NYDFRNPFVV CGSTYVPIYR GQKDVSCPYC TARFVPNQEG NICTVCDLAV 1201: IGADASGLLC SPSQVR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)