AT4G12650.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Endomembrane protein 70 protein family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Endomembrane protein 70 protein family; LOCATED IN: integral to membrane, Golgi apparatus, plasma membrane, vacuole; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nonaspanin (TM9SF) (InterPro:IPR004240); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Endomembrane protein 70 protein family (TAIR:AT5G35160.2); Has 1639 Blast hits to 1594 proteins in 317 species: Archae - 0; Bacteria - 7; Metazoa - 635; Fungi - 224; Plants - 501; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 272 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:7468207..7470165 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 74144.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 652 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFGVYRVFVL LVFVSQLCNG FYLPGSYMHT YSDGDSIFAK VNSLTSIETE LPFSYYSLPY CQPLEGIKKS AENLGELLMG DQIDNSAYRF RMRTNESLYL 101: CTTSPLNEHE VKLLKQRTRE LYQVNMILDN LPALRFAKQN GVTIQWTGYP VGYSPPNSND DYIINHLKFK VLVHEYEGNV MEVIGTGEEG MGVISEADKK 201: KALGYEIVGF EVVPCSVKYD AEKMTKLHMY DPVPSVNCPL ELDKAQIIKE HERITFTYEV EFVKSETRWP SRWDAYLKME GARVHWFSIL NSLMVIFFLA 301: GIVFVIFLRT VRRDLTKYEE LDKEAQAQMN EELSGWKLVV GDVFREPEMS KLLCIMVGDG VRITGMAVVT IVFAALGFMS PASRGMLLTG MIILYLFLGI 401: VAGYAGVRLW RTVKGTSEGW RSLSWSIACF FPGIAFVILT VLNFLLWSSN STGAIPISLY FELLALWFCI SVPLTLFGGF LGTRAEAIQF PVRTNQIPRE 501: IPERKYPSWL LVLGAGTLPF GTLFIELFFI FSSIWLGRFY YVFGFLLIVL LLLVVVCAEV SVVLTYMHLC VEDWRWWWKA FYASGSVALY VFAYSINYLV 601: FDLQSLSGPV SAMLYIGYSL LMAIAIMLAT GTIGFLTSFY FVHYLFSSVK ID |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)