AT5G05010.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : clathrin adaptor complexes medium subunit family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
clathrin adaptor complexes medium subunit family protein; INVOLVED IN: intracellular protein transport, transport, vesicle-mediated transport; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Clathrin adaptor, mu subunit, C-terminal (InterPro:IPR008968), Longin-like (InterPro:IPR011012); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:1477137..1479872 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 57722.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 527 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVVLAAAIVV KSGKVIVSRH YVDMSRIRIE GLLAAFPKLV GMGKQHTYIE TENVRYVYQP IEALFLLLVT TKQSNILEDL ATLTLLSKLV PEYSMSLDEE 101: GISRASFELI FAFDEVISLG HKESVTVAQV KQYCEMESHE EKLHKLVMQS KINDTKDVMK RKANEIDKSK IEKNKPGGFS SMGSMGSGRL ESGFNELSIS 201: SGGGGGYGSG SGFGMISDVD PINTKPKDRS RSSVTAPPKS SGMKLGKSGK NQLMESLKAE GEDVIEDVKP TGQSKAAAPP PTDPFTLTVE EKLNVALRRD 301: GGLSSFDMQG TLSLQILNQE DGFVQVQIAT GENPEILFKT HPNINRDMFN NENILGLKRP DQPFPTGQGG DGVGLLRWRM QRADESMVPL TINCWPSVSG 401: NETYVSLEYE ASSMFDLTNV IISVPLPALR EAPSVRQCDG EWRYDPRNSV LEWSILLIDN SNRSGSMEFV VPPVDSSVFF PISVQFAATS TYSGLKVTGM 501: IPLRGGGGAT PRFVQRTQLI AQNYQVI |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)