AT1G10950.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : transmembrane nine 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes an Arabidopsis Transmembrane nine (TMN) protein. Transmembrane nine (TM9) proteins are localized in the secretory pathway of eukaryotic cells and are involved in cell adhesion and phagocytosis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
transmembrane nine 1 (TMN1); LOCATED IN: integral to membrane, Golgi apparatus, membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 16 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nonaspanin (TM9SF) (InterPro:IPR004240); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Endomembrane protein 70 protein family (TAIR:AT5G37310.1); Has 1611 Blast hits to 1538 proteins in 326 species: Archae - 0; Bacteria - 16; Metazoa - 610; Fungi - 273; Plants - 454; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 258 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:3659322..3663622 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 66896.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 589 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPSSSSAAVL VFLLLVSLLT PTFASDSDHK YQAEEQVTLW VNKVGPYNNP QETYNYYSLP FCRPSGNNVH KWGGLGEVLG GNELIDSEIA IKFMKNVERS 101: VICPLELDEA KVKHFKDAIE SSYWFEFFMD DLPLWGFVGE LHPDKNSENG KHVLYTHKNI VVKYNKDQII HVNLTQDNPR PLEAGKKMDL TYSVQWIPTN 201: VTFARRFDVY LDYPFFEHQI HWFSIFNSFM MVIFLTGLVS MILMRTLRND YAKYAREDDD LESLERDVSE ESGWKLVHGD VFRPASSLVL LSAVVGTGAQ 301: LALLVLLVIL MAIVGTLYVG RGAIVTTFIV CYALTSFVSG YVSGGMYSRS GGKHWIKCMV LTASLFPFLC FGIGFLLNTI AIFYGSLAAI PFGTMVVVFV 401: IWGFISFPLA LLGTVVGRNW SGAPNNPCRV KTIPRPIPEK KWYLTPSVVS LMGGLLPFGS IFIEMYFVFT SFWNYKVYYV YGFMLLVFVI LVIVTVCVTI 501: VGTYFLLNAE NYHWQWTSFF SAASTAVYVY LYSIYYYYVK TKMSGFFQTS FYFGYTMMFC LGLGILCGAV GYLGSNLFVR RIYRNIKCD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)