AT3G12180.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Cornichon family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Cornichon family protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: intracellular signaling pathway; LOCATED IN: endomembrane system, membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cornichon (InterPro:IPR003377); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Cornichon family protein (TAIR:AT1G12390.1); Has 605 Blast hits to 605 proteins in 175 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 316; Fungi - 159; Plants - 93; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 37 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:3883464..3884570 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 17368.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 146 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAWDLFLWIV SFFVSLALVA SVFYQVICLT DLEADYLNPF ETSTRINRLV IPEFILQGSL CLLFLLTWHW VFFLVAVPVT VYHAMLYKER RYLIDVTEVF 101: RGISFEKKLR YTKLGFYVFL FIMVVFRLTL SAVYSFTEDD DLLHLF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)