AT2G21600.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 ASURE: endoplasmic reticulum What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : endoplasmatic reticulum retrieval protein 1B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Key player of retrieval of ER membrane proteins | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
endoplasmatic reticulum retrieval protein 1B (RER1B); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to ER; LOCATED IN: Golgi apparatus, endoplasmic reticulum, cis-Golgi network; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Retrieval of early ER protein Rer1 (InterPro:IPR004932); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Rer1 family protein (TAIR:AT4G39220.1); Has 516 Blast hits to 512 proteins in 212 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 154; Fungi - 152; Plants - 129; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 81 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:9243550..9244579 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22419.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 195 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEGSGGDSGS MATPVQKKVH EAWRVYQYYL DKTTPHSTNR WIGTLVFFLI YCLRVYSIHG FYIISYGLGI YLLNLLIGFL SPLVDPELEV SDGATLPTRG 101: SDEFKPFIRR LPEFKFWYSM TKAFCIAFLM TFFSVFDVPV FWPILLCYWV VLFVLTMRRQ IAHMIKHKYI PFSIGKQKYS GRKSSANSGG GSRAD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)