AT3G25040.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 ASURE: endoplasmic reticulum What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : endoplasmic reticulum retention defective 2B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes ERD2b. a homolog of the yeast endoplasmic reticulum retention receptor ERD2. Mutations in ERD2b compromise EFR but not FLS2 signaling. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
endoplasmic reticulum retention defective 2B (ERD2B); FUNCTIONS IN: ER retention sequence binding, receptor activity; INVOLVED IN: defense response signaling pathway, resistance gene-independent, protein transport; LOCATED IN: integral to membrane, Golgi apparatus; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ER lumen protein retaining receptor (InterPro:IPR000133); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ER lumen protein retaining receptor family protein (TAIR:AT1G29330.1); Has 912 Blast hits to 910 proteins in 230 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 322; Fungi - 187; Plants - 229; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 174 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:9124479..9126051 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25564.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 215 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNIFRLAGDM THLASVLVLL LKIHTIKSCA GVSLKTQELY AIVFATRYLD IFTSFVSLYN TSMKLVFLGS SFSIVWYMKY HKAVHRTYDR EQDTFRHWFL 101: VLPCFLLALL IHEKFTFLEV LWTSSLYLEA VAILPQLVLL QRTRNIDNLT GQYIFLLGGY RGLYILNWIY RYFTEPHFVH WITWIAGFVQ TLLYADFFYY 201: YFLSWKNNKK LQLPA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)