AT3G25540.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : TRAM, LAG1 and CLN8 (TLC) lipid-sensing domain containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
LAG1 homolog 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
LONGEVITY ASSURANCE GENE 1 (LAG1); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: N-terminal protein myristoylation; LOCATED IN: Golgi apparatus, endoplasmic reticulum, plasma membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Longevity assurance, LAG1/LAC1 (InterPro:IPR016439), TRAM/LAG1/CLN8 homology domain (InterPro:IPR006634); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: LAG1 longevity assurance homolog 3 (TAIR:AT1G13580.3); Has 1255 Blast hits to 1255 proteins in 227 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 591; Fungi - 304; Plants - 188; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 169 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:9274752..9276261 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36499.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 310 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGLFESVKSI DWEQESFPTY QDLGFLPLFA VFFPTIRFLL DRFVFEKLAS LVIYGRMSTN KSDNIKDRKK NSPKVRKFKE SAWKCIYYLS AELLALSVTY 101: NEPWFSNTLY FWIGPGDQIW PDQPMKMKLK FLYMFAAGFY TYSIFALVFW ETRRSDFGVS MGHHITTLVL IVLSYICRLT RAGSVILALH DASDVFLEIG 201: KMSKYCGAES LASISFVLFA LSWVVLRLIY YPFWILWSTS YQIIMTVDKE KHPNGPILYY MFNTLLYFLL VLHIFWWVLI YRMLVKQVQD RGKLSEDVRS 301: DSESDDEHED |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)