AT5G47180.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.993 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Plant VAMP (vesicle-associated membrane protein) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Plant VAMP (vesicle-associated membrane protein) family protein; FUNCTIONS IN: structural molecule activity; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: PapD-like (InterPro:IPR008962), Major sperm protein (InterPro:IPR000535), Vesicle-associated membrane protein (InterPro:IPR016763); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: vesicle associated protein (TAIR:AT3G60600.1); Has 1065 Blast hits to 1054 proteins in 202 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 413; Fungi - 138; Plants - 424; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 90 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:19161384..19163265 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24668.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.89 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 220 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTGVGENQLI SIQPDELKFL FELEKQSYCD LKVANKTENY VAFKVKTTSP KKYFVRPNTG VIQPWDSCII RVTLQAQREY PPDMQCKDKF LLQSTIVPPH 101: TDVDELPQDT FTKDSGKTLT ECKLKVSYIT PSTTQRSSES GATNGDGQSS ETISTIQRLK EERDAAVKQT QQLQHELETV RRRRNQRNSG NGLSLKLAAM 201: VGLIGLIIGF ILKLTLASPT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)