AT3G17810.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : pyrimidine 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein predicted to have dihydropyrimidine dehydrogenase activity. Its activity has not been demonstrated in vivo, but, it is required for efficient uracil catabolism in Arabidopsis. It localizes to the plastid. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
pyrimidine 1 (PYD1); FUNCTIONS IN: oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) activity; INVOLVED IN: 'de novo' pyrimidine base biosynthetic process, uracil catabolic process, cellular response to nitrogen levels; LOCATED IN: chloroplast, plastid; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aldolase-type TIM barrel (InterPro:IPR013785), Dihydroorotate dehydrogenase, class 1/ 2 (InterPro:IPR012135), Dihydroorotate dehydrogenase, class 1, core (InterPro:IPR005720); Has 5953 Blast hits to 5953 proteins in 1914 species: Archae - 176; Bacteria - 4342; Metazoa - 263; Fungi - 99; Plants - 89; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 984 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:6094279..6096289 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46849.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 426 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASMSFALNR FSGLSSKTTL SADFDPSSRR SFLPPTRVGL KISSAAESEP DLSVTVNGLK MPNPFVIGSG PPGTNYTVMK RAFDEGWGAV IAKTVSLDAS 101: KVINVTPRYA RLRTGSNGSA KTDVIGWQNI ELISDRPLET MLKEFERLKK EYPDRILIAS VMEEYNKTAW EELIDRVEQT GVDALEINFS CPHGMPERRM 201: GAAVGQDCAL LDEVCGWINA KATVPVWAKM TPNITDITEP ARVSLKSGCE GIAAINTIMS VMGIDMKTLR PEPCVEGYST PGGYSYKAVR PIALAKVMNI 301: AKMMKSEFSE DRSLSGIGGV ETGYDAAEFI LLGSNTVQVC TGVMMHGYGH VKTLCAELKD FMKQHNFSTI EEFRGHSLQY FTTHTDLVKR QKEAVEQRKA 401: EKRGLKSDKD WTGDGFVKET ESMVSN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)