AT3G56310.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Melibiase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Melibiase family protein; FUNCTIONS IN: alpha-galactosidase activity, hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds, catalytic activity; INVOLVED IN: carbohydrate metabolic process, metabolic process, lactose catabolic process; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aldolase-type TIM barrel (InterPro:IPR013785), Glycoside hydrolase, family 27 (InterPro:IPR002241), Glycoside hydrolase, clan GH-D (InterPro:IPR000111), Glycoside hydrolase, catalytic core (InterPro:IPR017853); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: alpha-galactosidase 2 (TAIR:AT5G08370.1); Has 1574 Blast hits to 1565 proteins in 338 species: Archae - 4; Bacteria - 582; Metazoa - 329; Fungi - 273; Plants - 224; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 162 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:20882886..20885745 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48365.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 437 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVIMKKMKDS VLFLVVGLFS LSVLVSQSIA GRVKAPLLQS NTGGLVFSKS FNSIYDTSMY GRLQLNNGLA RTPQMGWNSW NFFACNINET VIKETADALV 101: SSGLADLGYI HVNIDDCWSN LLRDSEGQLV PHPETFPSGI KLLADYVHSK GLKLGIYSDA GVFTCEVHPG SLFHEVDDAD IFASWGVDYL KYDNCFNLGI 201: KPIERYPPMR DALNATGRSI FYSLCEWGVD DPALWAKEVG NSWRTTDDIN DTWASMTTIA DLNNKWAAYA GPGGWNDPDM LEIGNGGMTY EEYRGHFSIW 301: ALMKAPLLIG CDVRNMTAET LEILSNKEII AVNQDPLGVQ GRKIQANGEN DCQQVWSGPL SGDRMVVALW NRCSEPATIT ASWDMIGLES TISVSVRDLW 401: QHKDVTENTS GSFEAQVDAH DCHMYVLTPQ TVSHSDV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)