AT5G12200.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : pyrimidine 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with dihydropyrimidine amidohydrolase activity. It localizes to the secretory system and plays a role in uracil metabolism. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
pyrimidine 2 (PYD2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: D-hydantoinase (InterPro:IPR011778), Amidohydrolase 1 (InterPro:IPR006680), Metal-dependent hydrolase, composite domain (InterPro:IPR011059); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: allantoinase (TAIR:AT4G04955.1); Has 11476 Blast hits to 11454 proteins in 2253 species: Archae - 299; Bacteria - 6727; Metazoa - 670; Fungi - 189; Plants - 91; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3500 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:3941700..3944727 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 57994.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 531 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALDAFFFIV SLFLLFPSPS ASESTTQFCS AGRENGVGSC GVSSTRILIK GGTVVNAHHQ ELADVYVENG IIVAVQPNIK VGDEVTVLDA TGKFVMPGGI 101: DPHTHLAMEF MGTETIDDFF SGQAAALAGG TTMHIDFVIP VNGNLVAGFE AYENKSRESC MDYGFHMAIT KWDEGVSRDM EMLVKEKGIN SFKFFLAYKG 201: SLMVTDDLLL EGLKRCKSLG ALAMVHAENG DAVFEGQKRM IELGITGPEG HALSRPPVLE GEATARAIRL ARFINTPLYV VHVMSVDAMD EIAKARKSGQ 301: KVIGEPVVSG LILDDHWLWD PDFTIASKYV MSPPIRPVGH GKALQDALST GILQLVGTDH CTFNSTQKAL GLDDFRRIPN GVNGLEERMH LIWDTMVESG 401: QLSATDYVRI TSTECARIFN IYPRKGAILA GSDADIIILN PNSSYEISSK SHHSRSDTNV YEGRRGKGKV EVTIAGGRIV WENEELKVVP RSGKYIEMPP 501: FSYLFDGIEK SDANYLSSLR APVKRVRTEA T |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)