AT2G20230.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.569 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Tetraspanin family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Tetraspanin family protein; LOCATED IN: plasma membrane, vacuole; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 16 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tetraspanin (InterPro:IPR018499), Tetraspanin, subgroup (InterPro:IPR000301); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tetraspanin family protein (TAIR:AT4G28770.2); Has 161 Blast hits to 161 proteins in 17 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 160; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:8725762..8727388 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29723.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 270 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRRNCCHVSF ASTLKILNFV QAFIGVSIII YSIWMLHEYS RHLPVDPPPS ASSSSGTEIA TSVSEPLKNP IDFVASIILG SNGGDHGFNL RSLDLPAPWF 101: IYSFMAVGIL VCIVTFIGFI AAEAINGCCL CFYSILKTLL ILLEAALVAY IAIDRHWEKD LPYDPTGELS SLRAFIEENI DICKWVGIAV VAVQLLSLLL 201: AMVLRAMVST PKPELDEEED DENPRSRTWD PLLGPQGNQA PAGSSKIENW SSRIREKYGL NQSPPVNPKG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)