AT2G30432.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.998 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Homeodomain-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes TRICHOMELESS1 (TCL1), a single-repeat MYB-type transcription factor that negatively regulates trichome formation by suppressing GL1 (GLABRA1). In a tandem repeat with AT2g30424 and AT2g30420. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TRICHOMELESS1 (TCL1); FUNCTIONS IN: DNA binding; INVOLVED IN: regulation of trichome morphogenesis; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287), MYB-like (InterPro:IPR017877), Myb transcription factor (InterPro:IPR015495); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Homeodomain-like superfamily protein (TAIR:AT2G30424.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:12968763..12970060 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 10494.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 84 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
1: MDNTNRLRRL HCHKQPKFTH SSQEVSSMKW EFINMTEQEE DLIFRMYRLV GDRWDLIARR VVGREAKEIE RYWIMRNCDY FSHK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)