AT5G54690.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.853 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : galacturonosyltransferase 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with putative galacturonosyltransferase activity. Mutants defective in this gene displayed a notable reduction in xylose (>50%) in the cell walls from stems and roots and a reduction in cellulose (~25%). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
galacturonosyltransferase 12 (GAUT12); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycosyl transferase, family 8 (InterPro:IPR002495); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: galacturonosyltransferase 13 (TAIR:AT3G01040.2); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:22219435..22221769 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60883.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 535 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQLHISPSLR HVTVVTGKGL REFIKVKVGS RRFSYQMVFY SLLFFTFLLR FVFVLSTVDT IDGDPSPCSS LACLGKRLKP KLLGRRVDSG NVPEAMYQVL 101: EQPLSEQELK GRSDIPQTLQ DFMSEVKRSK SDAREFAQKL KEMVTLMEQR TRTAKIQEYL YRHVASSSIP KQLHCLALKL ANEHSINAAA RLQLPEAELV 201: PMLVDNNYFH FVLASDNILA ASVVAKSLVQ NALRPHKIVL HIITDRKTYF PMQAWFSLHP LSPAIIEVKA LHHFDWLSKG KVPVLEAMEK DQRVRSQFRG 301: GSSVIVANNK ENPVVVAAKL QALSPKYNSL MNHIRIHLPE LFPSLNKVVF LDDDIVIQTD LSPLWDIDMN GKVNGAVETC RGEDKFVMSK KFKSYLNFSN 401: PTIAKNFNPE ECAWAYGMNV FDLAAWRRTN ISSTYYHWLD ENLKSDLSLW QLGTLPPGLI AFHGHVQTID PFWHMLGLGY QETTSYADAE SAAVVHFNGR 501: AKPWLDIAFP HLRPLWAKYL DSSDRFIKSC HIRAS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)