AT4G18780.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.500 plasma membrane 0.500 ASURE: extracellular,plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cellulose synthase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a member of the cellulose synthase family involved in secondary cell wall biosynthesis. Mutants have abnormal xylem formation, reduced cellulose content, and enhanced drought and osmotic stress tolerance. Mediates resistance towards bacterial pathogens via ABA. Confers resistance towards bacterial and fungal pathogens, independent of salicylic acid, ethylene and jasmonate signaling. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
IRREGULAR XYLEM 1 (IRX1); FUNCTIONS IN: cellulose synthase activity, transferase activity, transferring glycosyl groups; INVOLVED IN: in 7 processes; LOCATED IN: cell wall, plasma membrane; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cellulose synthase (InterPro:IPR005150); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cellulose synthase A4 (TAIR:AT5G44030.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:10312846..10316719 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 111527.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 985 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMESRSPICN TCGEEIGVKS NGEFFVACHE CSFPICKACL EYEFKEGRRI CLRCGNPYDE NVFDDVETKT SKTQSIVPTQ TNNTSQDSGI HARHISTVST 101: IDSELNDEYG NPIWKNRVES WKDKKDKKSK KKKKDPKATK AEQHEAQIPT QQHMEDTPPN TESGATDVLS VVIPIPRTKI TSYRIVIIMR LIILALFFNY 201: RITHPVDSAY GLWLTSVICE IWFAVSWVLD QFPKWSPINR ETYIDRLSAR FEREGEQSQL AAVDFFVSTV DPLKEPPLIT ANTVLSILAL DYPVDKVSCY 301: VSDDGAAMLS FESLVETADF ARKWVPFCKK YSIEPRAPEF YFSLKIDYLR DKVQPSFVKE RRAMKRDYEE FKIRMNALVA KAQKTPEEGW TMQDGTSWPG 401: NNTRDHPGMI QVFLGYSGAR DIEGNELPRL VYVSREKRPG YQHHKKAGAE NALVRVSAVL TNAPFILNLD CDHYVNNSKA VREAMCFLMD PVVGQDVCFV 501: QFPQRFDGID KSDRYANRNI VFFDVNMRGL DGIQGPVYVG TGTVFRRQAL YGYSPPSKPR ILPQSSSSSC CCLTKKKQPQ DPSEIYKDAK REELDAAIFN 601: LGDLDNYDEY DRSMLISQTS FEKTFGLSTV FIESTLMENG GVPDSVNPST LIKEAIHVIS CGYEEKTEWG KEIGWIYGSI TEDILTGFKM HCRGWRSIYC 701: MPLRPAFKGS APINLSDRLH QVLRWALGSV EIFLSRHCPL WYGCSGGRLK LLQRLAYINT IVYPFTSLPL VAYCTLPAIC LLTGKFIIPT LSNLASMLFL 801: GLFISIILTS VLELRWSGVS IEDLWRNEQF WVIGGVSAHL FAVFQGFLKM LAGLDTNFTV TSKTADDLEF GELYIVKWTT LLIPPTSLLI INLVGVVAGF 901: SDALNKGYEA WGPLFGKVFF AFWVILHLYP FLKGLMGRQN RTPTIVILWS ILLASVFSLV WVRINPFVSK TDTTSLSLNC LLIDC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)