AT4G28910.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : novel interactor of JAZ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
novel interactor of JAZ (NINJA); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF1675 (InterPro:IPR012463); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ABI five binding protein 3 (TAIR:AT3G29575.4); Has 317 Blast hits to 301 proteins in 73 species: Archae - 2; Bacteria - 15; Metazoa - 43; Fungi - 39; Plants - 175; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 40 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:14264330..14265680 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44940.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 425 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDDDNGLELS LGLSCGGSTG KAKGNNNNNA GSSSENYRAE GGDRSAKVID DFKNFLHPTS QRPAEPSSGS QRSDSGQQPP QNFFNDLSKA PTTEAEASTK 101: PLWVEDESRK EAGNKRKFGF PGMNDDKKKE KDSSHVDMHE KKTKASHVST ATDEGSTAEN EDVAESEVGG GSSSNHAKEV VRPPTDTNIV DNLTGQRRSN 201: HGGSGTEEFT MRNMSYTVPF TVHPQNVVTS MPYSLPTKES GQHAAATSLL QPNANAGNLP IMFGYSPVQL PMLDKDGSGG IVALSQSPFA GRVPSNSATA 301: KGEGKQPVAE EGSSEDASER PTGDNSNLNT AFSFDFSAIK PGMAADVKFG GSGARPNLPW VSTTGSGPHG RTISGVTYRY NANQIKIVCA CHGSHMSPEE 401: FVRHASEEYV SPESSMGMTA ASAHT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)