AT1G72450.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : jasmonate-zim-domain protein 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
JAZ6 transcript levels rise in response to a jasmonate stimulus and a GFP:JAZ6 fusion protein localizes to the nucleus. Application of jasmonate methyl ester to Arabidopsis roots reduces the levels of a JAZ6:GUS fusion protein, presumably by stimulating ubiquitin-proteasome-mediated degradation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
jasmonate-zim-domain protein 6 (JAZ6); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tify (InterPro:IPR010399), CCT domain-like (InterPro:IPR018467); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: jasmonate-zim-domain protein 5 (TAIR:AT1G17380.1); Has 303 Blast hits to 298 proteins in 26 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 303; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:27274336..27276136 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29851.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 269 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSTGQAPEKS NFSQRCSLLS RYLKEKGSFG NINMGLARKS DLELAGKFDL KGQQNVIKKV ETSETRPFKL IQKFSIGEAS TSTEDKAIYI DLSEPAKVAP 101: ESGNSQLTIF FGGKVMVFNE FPEDKAKEIM EVAKEANHVA VDSKNSQSHM NLDKSNVVIP DLNEPTSSGN NEDQETGQQH QVVERIARRA SLHRFFAKRK 201: DRAVARAPYQ VNQHGSHLPP KPEMVAPSIK SGQSSQHIAT PPKPKAHNHM PMEVDKKEGQ SSKNLELKL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)