AT1G56650.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : production of anthocyanin pigment 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative MYB domain containing transcription factor involved in anthocyanin metabolism and radical scavenging. Essential for the sucrose-mediated expression of the dihydroflavonol reductase gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
production of anthocyanin pigment 1 (PAP1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), HTH transcriptional regulator, Myb-type, DNA-binding (InterPro:IPR017930), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287), Myb transcription factor (InterPro:IPR015495); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: myb domain protein 90 (TAIR:AT1G66390.1); Has 8761 Blast hits to 8206 proteins in 539 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 765; Fungi - 472; Plants - 5883; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 1638 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:21233714..21235089 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28471.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 248 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEGSSKGLRK GAWTTEEDSL LRQCINKYGE GKWHQVPVRA GLNRCRKSCR LRWLNYLKPS IKRGKLSSDE VDLLLRLHRL LGNRWSLIAG RLPGRTANDV 101: KNYWNTHLSK KHEPCCKIKM KKRDITPIPT TPALKNNVYK PRPRSFTVNN DCNHLNAPPK VDVNPPCLGL NINNVCDNSI IYNKDKKKDQ LVNNLIDGDN 201: MWLEKFLEES QEVDILVPEA TTTEKGDTLA FDVDQLWSLF DGETVKFD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)