AT4G22880.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.994 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : leucoanthocyanidin dioxygenase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes leucoanthocyanidin dioxygenase, which is involved in proanthocyanin biosynthesis. Mutant analysis suggests that this gene is also involved in vacuole formation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
leucoanthocyanidin dioxygenase (LDOX); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Oxoglutarate/iron-dependent oxygenase (InterPro:IPR005123); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: flavonol synthase 1 (TAIR:AT5G08640.2); Has 8356 Blast hits to 8311 proteins in 977 species: Archae - 0; Bacteria - 1058; Metazoa - 85; Fungi - 889; Plants - 4934; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1390 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:12004905..12006059 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40398.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 356 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVAVERVESL AKSGIISIPK EYIRPKEELE SINDVFLEEK KEDGPQVPTI DLKNIESDDE KIRENCIEEL KKASLDWGVM HLINHGIPAD LMERVKKAGE 101: EFFSLSVEEK EKYANDQATG KIQGYGSKLA NNASGQLEWE DYFFHLAYPE EKRDLSIWPK TPSDYIEATS EYAKCLRLLA TKVFKALSVG LGLEPDRLEK 201: EVGGLEELLL QMKINYYPKC PQPELALGVE AHTDVSALTF ILHNMVPGLQ LFYEGKWVTA KCVPDSIVMH IGDTLEILSN GKYKSILHRG LVNKEKVRIS 301: WAVFCEPPKD KIVLKPLPEM VSVESPAKFP PRTFAQHIEH KLFGKEQEEL VSEKND |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)