AT4G39250.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RAD-like 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RAD-like 1 (RL1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Molecular chaperone, heat shock protein, Hsp40, DnaJ (InterPro:IPR015609), SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), SANT, eukarya (InterPro:IPR017884); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Homeodomain-like superfamily protein (TAIR:AT2G21650.1); Has 592 Blast hits to 591 proteins in 82 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 116; Fungi - 0; Plants - 470; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 6 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:18271457..18271857 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 11296.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 100 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
1: MASSSMSSQS SGSWTAKQNK AFEQALATYD QDTPNRWQNV AKVVGGKTTE EVKRHYELLV QDINSIENGH VPFPNYRTSG GCTNGRLSQE EKRMRNMRLQ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)