AT1G20510.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : OPC-8:0 CoA ligase1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
OPC-8:0 CoA ligase1 (OPCL1); FUNCTIONS IN: 4-coumarate-CoA ligase activity; INVOLVED IN: phenylpropanoid metabolic process, jasmonic acid biosynthetic process, response to wounding; LOCATED IN: peroxisome; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: AMP-binding, conserved site (InterPro:IPR020845), AMP-dependent synthetase/ligase (InterPro:IPR000873); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: AMP-dependent synthetase and ligase family protein (TAIR:AT1G20500.1); Has 85702 Blast hits to 78184 proteins in 3819 species: Archae - 1213; Bacteria - 55131; Metazoa - 3605; Fungi - 4761; Plants - 2762; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 18229 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:7103645..7105856 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 59378.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 546 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASVNSRSGF CNSNSTFYSK RTPIPLPPNP SLDVTTFISS QAHRGRIAFI DASTGQNLTF TELWRAVESV ADCLSEIGIR KGHVVLLLSP NSILFPVVCL 101: SVMSLGAIIT TTNPLNTSNE IAKQIKDSNP VLAFTTSQLL PKISAAAKKL PIVLMDEERV DSVGDVRRLV EMMKKEPSGN RVKERVDQDD TATLLYSSGT 201: TGMSKGVISS HRNLIAMVQT IVNRFGSDDG EQRFICTVPM FHIYGLAAFA TGLLAYGSTI IVLSKFEMHE MMSAIGKYQA TSLPLVPPIL VAMVNGADQI 301: KAKYDLSSMH TVLCGGAPLS KEVTEGFAEK YPTVKILQGY GLTESTGIGA STDTVEESRR YGTAGKLSAS MEGRIVDPVT GQILGPKQTG ELWLKGPSIM 401: KGYFSNEEAT SSTLDSEGWL RTGDLCYIDE DGFIFVVDRL KELIKYKGYQ VAPAELEALL LTHPEITDAA VIPFPDKEVG QFPMAYVVRK TGSSLSEKTI 501: MEFVAKQVAP YKRIRKVAFV SSIPKNPSGK ILRKDLIKIA TSNSKL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)