AT1G30970.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : zinc finger (C2H2 type) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes SUF4 (SUPPRESSOR of FRI 4), a putative zinc-finger-containing transcription factor that is required for delayed flowering in winter-annual Arabidopsis. suf4 mutations strongly suppress the late-flowering phenotype of FRI (FRIGIDA) mutants. suf4 mutants also show reduced H3K4 trimethylation at FLC (FLOWERING LOCUS C), a floral inhibitor. SUF4 may act to specifically recruit a putative histone H3 methyltransferase EFS (EARLY FLOWERING IN SHORT DAYS) and the PAF1-like complex to the FLC locus. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
suppressor of FRIGIDA4 (SUF4); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, C2H2-like (InterPro:IPR015880), Zinc finger, BED-type predicted (InterPro:IPR003656), Zinc finger, C2H2-type (InterPro:IPR007087); Has 21249 Blast hits to 14717 proteins in 989 species: Archae - 33; Bacteria - 3114; Metazoa - 8587; Fungi - 3278; Plants - 3255; Viruses - 686; Other Eukaryotes - 2296 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:11040613..11043593 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39803.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 367 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGKKKKRATE KVWCYYCDRE FDDEKILVQH QKAKHFKCHV CHKKLSTASG MVIHVLQVHK ENVTKVPNAK DGRDSTDIEI YGMQGIPPHV LTAHYGEEED 101: EPPAKVAKVE IPSAPLGGVV PRPYGMVYPP QQVPGAVPAR PMYYPGPPMR HPAPVWQMPP PRPQQWYPQN PALSVPPAAH LGYRPQPLFP VQNMGMTPTP 201: TSAPAIQPSP VTGVTPPGIP TSSPAMPVPQ PLFPVVNNSI PSQAPPFSAP LPVGGAQQPS HADALGSADA YPPNNSIPGG TNAHSYASGP NTSGPSIGPP 301: PVIANKAPSN QPNEVYLVWD DEAMSMEERR MSLPKYKVHD ETSQMNSINA AIDRRISESR LAGRMAF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)