AT5G51300.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : splicing factor-related | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
splicing factor-related; FUNCTIONS IN: RNA binding, nucleotide binding, zinc ion binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: RNA splicing; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: K Homology (InterPro:IPR004087), K Homology, type 1, subgroup (InterPro:IPR018111), RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), K Homology, type 1 (InterPro:IPR004088), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677), Zinc finger, CCHC-type (InterPro:IPR001878); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA-binding KH domain-containing protein (TAIR:AT1G09660.1); Has 986600 Blast hits to 958298 proteins in 35154 species: Archae - 20434; Bacteria - 569558; Metazoa - 210103; Fungi - 32531; Plants - 60683; Viruses - 65853; Other Eukaryotes - 27438 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:20849881..20852295 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 87055.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 804 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MESVEMNNPN SQTLDQPPPS SNGDTAPLAL DHMNPQNSES VALNGSSTPI PDTNGSSAKP ELLRPLLSEN GVSKTLSGND KDQSGGEEET TSRRKRRSRW 101: DPPPSESINN PSAEGGTDSG TGTRKRKSRW ADDEPRTQIQ LPDFMKDFTG GIEFDPEIQA LNSRLLEISR MLQSGMPLDD RPEGQRSPSP EPVYDNMGIR 201: INTREYRARE RLNRERQEII AQIIKKNPAF KPPADYRPPK LHKKLFIPMK EFPGYNFIGL IIGPRGNTQK RMERETGAKI VIRGKGSVKE GRHQQKKDLK 301: YDPSENEDLH VLVEAETQEA LEAAAGMVEK LLQPVDEVLN EHKRQQLREL ATLNGTIRDE EFCRLCGEPG HRQYACPSRT NTFKSDVLCK ICGDGGHPTI 401: DCPVKGTTGK KMDDEYQNFL AELGGTVPES SLKQSATLAL GPGSSGSNPP WANNAGNGAS AHPGLGSTPT KPPSKEYDET NLYIGFLPPM LEDDGLINLF 501: SSFGEIVMAK VIKDRVTGLS KGYGFVKYAD VQMANTAVQA MNGYRFEGRT LAVRIAGKSP PPIAPPGPPA PQPPTQGYPP SNQPPGAYPS QQYATGGYST 601: APVPWGPPVP SYSPYALPPP PPGSYHPVHG QHMPPYGMQY PPPPPHVTQA PPPGTTQNPS SSEPQQSFPP GVQADSGAAT SSIPPNVYGS SVTAMPGQPP 701: YMSYPSYYNA VPPPTPPAPA SSTDHSQNMG NMPWANNPSV STPDHSQGLV NAPWAPNPPM PPTVGYSQSM GNVPWAPKPP VQPPAENPSS VGESEYEKFM 801: AEMK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)