AT5G14170.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SWIB/MDM2 domain superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
CHC1 is predicted to encode a protein that belongs to the chromodomain remodeling complex. Two RNAi knock-down lines have a dwarf phenotype and reduced rates of Agrobacterium-mediated transformation. The low rate of root-mediated transformation rate may result from altered root morphology or reduced root growth rates. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CHC1; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SWIB/MDM2 domain (InterPro:IPR003121); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SWIB/MDM2 domain superfamily protein (TAIR:AT3G01890.1); Has 1254 Blast hits to 1169 proteins in 258 species: Archae - 0; Bacteria - 112; Metazoa - 460; Fungi - 424; Plants - 177; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 77 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:4568696..4570444 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 59273.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 534 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSGNNNNPQK PQGSAPLPFG NPGMASASVP GNQGFAQSHM AANFQAQFQF SQAQALAHAQ AQSKVQAQLQ AQLQAQGMTM NQAQGSPGIG GLGPSSPSLT 101: TPGSLNMKRF QQKPPMRPPG APASNNTISP MRTMELTPAA RKKKQKLPEK SLQERVAAIL PESALYTQLL EFESRVDAAL TRKKVDIQEA LKNPPCIQKT 201: LRIYVFNSFA NQNNTIPGNP NADPPTWTLK IIGRILEDGV DPDQPGFVQK ANPLHPKFSS FFKRVTVSLD QRLYPENPLI IWENARSPAP QEGFEIKRKG 301: NQEFAASIRL EMNYVPEKFK LSTALMDVLG IEVETRPRII AAIWHYVKAR KLQNPNDPSF FNCDAALQKV FGEEKLKFTM VSQKISHHLS PPPPIHLEHK 401: IKLSGNNPAV SACYDVLVDV PFPIQRDLNN LLANAEKNKE IEACDEAICA AIRKIHEHRR RRAFFLGFSQ SPVEFINALI ESQSKDLKVV AGEASRNAER 501: ERRSDFFNQP WVEDAVIRYL NRRPAAGNDG PGSW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)