AT5G07300.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 ASURE: plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Calcium-dependent phospholipid-binding Copine family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a copine-like protein, which is a member of a newly identified class of calcium-dependent, phospholipid binding proteins that are present in a wide range of organisms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
BONZAI 2 (BON2); FUNCTIONS IN: calcium-dependent phospholipid binding; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: C2 membrane targeting protein (InterPro:IPR018029), C2 calcium/lipid-binding domain, CaLB (InterPro:IPR008973), Copine (InterPro:IPR010734), C2 calcium-dependent membrane targeting (InterPro:IPR000008), von Willebrand factor, type A (InterPro:IPR002035); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DCD (Development and Cell Death) domain protein (TAIR:AT5G61910.4); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:2299996..2303040 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64036.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 586 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGSCWSDGSY AGGGMVGVGG GANSSAATPN DAVDYYLKSR GYNGLFSQIE LSFSASNLRD RDVISKSDAM VVVYTKGRDG TLAELFRSEV VLNSLNPKWI 101: KNFTIGYQFE IVQTLLFRVY DIDTQFQNSK EELLKLDEQQ FLGEATCTLS EVVTKSNRTI ALELMRKEGV AAQTQPQHNG KLIVHAEESL ASKTNTEIVF 201: RGLNLESKDT FSKSDPFLVI SKIVEHGTPI PVSKTEVLKN DPNPLWKPVS LSVQQVGSKD SPLVIECLDF NGNGNHDLIG KVQKSLSDLE KLHLAGQGIN 301: LALPTGVGHK HEDRVLKSQL FVDKFTETVQ HTFLEYLASG FELNFMVAID FTASNGNPRL PDSLHYIDPT GRLNAYQRAI VEVGEVLQFY DSDKRFPAWG 401: FGARPIDIPV SHCFNLNGSS TYCEVDGIQG IMNAYNGALF NVSFAGPTLF GPVINAAATI ASDSLAQSAK KYYVLLIITD GVITDLQETR DSIVSASDLP 501: LSILIVGVGG ADYKEMEVLD GDKGEKLESS SGRIASRDIV QFVALRDIQY GEVSVVEALL AELPTQFLTY MRNRNITPTT TTPSST |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)