AT4G32640.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.976 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Sec23/Sec24 protein transport family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Sec23/Sec24 protein transport family protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; INVOLVED IN: intracellular protein transport, ER to Golgi vesicle-mediated transport; LOCATED IN: COPII vesicle coat; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Sec23/Sec24, helical domain (InterPro:IPR006900), Sec23/Sec24 beta-sandwich (InterPro:IPR012990), Sec23/Sec24, trunk domain (InterPro:IPR006896), Zinc finger, Sec23/Sec24-type (InterPro:IPR006895), Gelsolin domain (InterPro:IPR007123); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: clone eighty-four (TAIR:AT3G44340.1); Has 66049 Blast hits to 38054 proteins in 1391 species: Archae - 34; Bacteria - 8764; Metazoa - 33131; Fungi - 9611; Plants - 5387; Viruses - 1213; Other Eukaryotes - 7909 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:15742661..15750424 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 116298.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1080 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MVAPVPPGAP RPNSQQNSGP PNFYPGSQGN SNALADNMQN LSLNRPPPMM PGSGPRPPPP FGQSPQPFPQ QSPSYGAPQR GPSPMSRPGP PAGMARPGGP 0101: PPVSQPAGFQ SNVPLNRPTG PPSRQPSFGS RPSMPGGPVA QPAASSSGFP AFGPSGSVAA GPPPGSRPMA FGSPPPVGSG MSMPPSGMIG GPVSNGHQMV 0201: GSGGFPRGTQ FPGAAVTTPQ APYVRPPSAP YARTPPQPLG SHSLSGNPPL TPFTAPSMPP PATFPGAPHG RPAVSGLPYG PPSAQVAPPL GFPGQMQPPR 0301: YGMGPLPNQS MTNIPTAMGQ PGATVPGPSR IDPNQIPRPG SSSSPTVFET RQSNQANPPP PATSDYVVRD TGNCSPRYMR CTINQIPCTV DLLSTSGMQL 0401: ALMVQPLALS HPSEEPIQVV DFGEGGPVRC SRCKGYINPF MKFIDQGRKF ICNFCGYTDE TPRDYHCNLG PDGRRRDVDE RPELCRGTVE FVATKEYMVR 0501: DPMPAVYFFL IDVSMNAIQT GATAAACNAI QQVLSDLPEG PRTFVGIATF DSTIHFYNLK RALQQPLMLI VPDVQDVYTP LETDVVVQLS ECRQHLELLL 0601: DSIPTMFQES KIPESAFGAA VKAAFLAMKS KGGKLMVFQS ILCSVGVGAL SSREAEGRAN MSAGEKEAHK LLQPADKTLK TMAIEFAEYQ VCVDIFITTQ 0701: AYVDMASISV IPRTTGGQVY CYYPFSALSD PPKLYNDLKW NITRPQGFEA VMRVRCSQGI QVQEYSGNFC KRIPTDIDLP AHDDKLQDGA ECAFQCALLY 0801: TTIYGERRIR VTTLSLSCTN MLSNLFRAAD LDSQFACMLK QAANEIPSKA LPLVKEQATN SCINALYAYR KFCATVTSSG QLILPEALKL FPLYTLALTK 0901: SVGLRTDGRI DDRSFWINYV SSLSTPLAIP LVYPRMISVH DLDVKDTEGS VLPPPIPLSG EHISNEGVYF LENGEDGLLF VGESVDSDIL QKLFAVSSAA 1001: EIPNQFVLQQ YDNQLSKKFN DAVNEIRRQR CSYLRIKLCK KGEPSGMLFL SYMVEDRTAS GPSYVEFLVQ VHRQIQLKMN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)