AT2G26430.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : arginine-rich cyclin 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes an ania-6a type arginine-rich cyclin which confers tolerance to LiCl and NaCl when expressed in yeast. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
arginine-rich cyclin 1 (RCY1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclin L (InterPro:IPR017060), Cyclin-like (InterPro:IPR011028), Transcription regulator cyclin (InterPro:IPR015429), Cyclin-related (InterPro:IPR013763), Cyclin, N-terminal (InterPro:IPR006671), Cyclin (InterPro:IPR006670); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Cyclin family protein (TAIR:AT5G45190.1); Has 14137 Blast hits to 8002 proteins in 370 species: Archae - 18; Bacteria - 504; Metazoa - 7867; Fungi - 2024; Plants - 1419; Viruses - 16; Other Eukaryotes - 2289 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:11243433..11245504 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47558.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 416 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIYTAIDNFY LSDEQLKASP SRKDGIDETT EISLRIYGCD LIQEGGILLK LPQAVMATGQ VLFQRFYCKK SLAKFDVKIV AASCVWLASK LEENPKKARQ 101: VIIVFHRMEC RRENLPLEHL DMYAKKFSEL KVELSRTERH ILKEMGFVCH VEHPHKFISN YLATLETPPE LRQEAWNLAN DSLRTTLCVR FRSEVVACGV 201: VYAAARRFQV PLPENPPWWK AFDADKSSID EVCRVLAHLY SLPKAQYISV CKDGKPFTFS SRSGNSQGQS ATKDLLPGAG EAVDTKCTAG SANNDLKDGM 301: VTTPHEKATD SKKSGTESNS QPIVGDSSYE RSKVGDRERE SDREKERGRE RDRGRSHRGR DSDRDSDRER DKLKDRSHHR SRDRLKDSGG HSDKSRHHSS 401: RDRDYRDSSK DRRRHH |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)