AT1G77180.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : chromatin protein family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative transcriptional factor. Shows transcriptional activator activity in yeast. Involved in response to abscisic acid, salt and osmotic stress. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SKIP; FUNCTIONS IN: transcription activator activity; INVOLVED IN: response to salt stress, response to mannitol stimulus, RNA splicing, response to abscisic acid stimulus; LOCATED IN: nucleolus, nucleus; EXPRESSED IN: 27 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SKI-interacting protein, SKIP (InterPro:IPR017862), SKI-interacting protein SKIP, SNW domain (InterPro:IPR004015); Has 9534 Blast hits to 6488 proteins in 453 species: Archae - 14; Bacteria - 426; Metazoa - 4688; Fungi - 1154; Plants - 570; Viruses - 47; Other Eukaryotes - 2635 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:28999791..29001632 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 69426.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 613 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKSLNDLPAP KSTTTTYYDH SNDAWFKNRV TESETVKSSS IKFKVVPAYL NRQGLRPKNP EDFGDGGAFP EIHLPQYPLL MGKNKSNKPG AKTLPVTVDA 101: QGNVVFDAIV RQNENSRKIV YSQHKDIIPK FLKNEGDLGT VVDEEEELQK EIQETAEETK AAIEKIVNVR LSAAQPSNIA RQSGDSQYIK YKPSQQSSAF 201: NSGAKERIIR MVEMPVDPLD PPKFKHKRVP RASGSPPVPV MHSPPRPVTV KDQQDWKIPP CISNWKNPKG YTIPLDKRLA ADGRGLQDVQ INDNFAKLSE 301: ALYVAEQKAR EAVSMRSKVQ KEMVMKDKER KEQELRALAQ KARSERTGAA MSMPVSSDRG RSESVDPRGD YDNYDQDRGR EREREEPQET REEREKRIQR 401: EKIREERRRE RERERRLDAK DAAMGKKSKI TRDRDRDISE KVALGMASTG GKGGGEVMYD QRLFNQDKGM DSGFAADDQY NLYDKGLFTA QPTLSTLYKP 501: KKDNDEEMYG NADEQLDKIK NTERFKPDKA FTGASERVGS KRDRPVEFEK EEEQDPFGLE KWVSDLKKGK KPLDKIGSGG TMRASGGGGS SSRDDDHGGS 601: GRTKINFERS DRR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)