AT5G37260.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Homeodomain-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a MYB family transcription factor Circadian 1 (CIR1). Involved in circadian regulation in Arabidopsis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
REVEILLE 2 (RVE2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), HTH transcriptional regulator, Myb-type, DNA-binding (InterPro:IPR017930), Myb-like DNA-binding domain, SHAQKYF class (InterPro:IPR006447); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Homeodomain-like superfamily protein (TAIR:AT5G17300.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:14751344..14752972 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32438.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 287 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAMQERCESL CSDELISSSD AFYLKTRKPY TITKQREKWT EAEHEKFVEA LKLYGRAWRR IEEHVGTKTA VQIRSHAQKF FTKVARDFGV SSESIEIPPP 101: RPKRKPMHPY PRKLVIPDAK EMVYAELTGS KLIQDEDNRS PTSVLSAHGS DGLGSIGSNS PNSSSAELSS HTEESLSLEA ETKQSLKLFG KTFVVGDYNS 201: SMSCDDSEDG KKKLYSETQS LQCSSSTSEN AETEVVVSEF KRSERSAFSQ LKSSVTEMNN MRGFMPYKKR VKVEENIDNV KLSYPLW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)