AT4G34530.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cryptochrome-interacting basic-helix-loop-helix 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a transcription factor CIB1 (cryptochrome-interacting basic-helix-loop-helix). CIB1 interacts with CRY2 (cryptochrome 2) in a blue light-specific manner in yeast and Arabidopsis cells, and it acts together with additional CIB1-related proteins to promote CRY2-dependent floral initiation. CIB1 positively regulates FT expression. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cryptochrome-interacting basic-helix-loop-helix 1 (CIB1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Helix-loop-helix DNA-binding domain (InterPro:IPR001092), Helix-loop-helix DNA-binding (InterPro:IPR011598); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein (TAIR:AT1G68920.2); Has 2243 Blast hits to 2231 proteins in 129 species: Archae - 0; Bacteria - 9; Metazoa - 30; Fungi - 27; Plants - 2139; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 38 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:16498466..16499946 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37542.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 335 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNGAIGGDLL LNFPDMSVLE RQRAHLKYLN PTFDSPLAGF FADSSMITGG EMDSYLSTAG LNLPMMYGET TVEGDSRLSI SPETTLGTGN FKKRKFDTET 101: KDCNEKKKKM TMNRDDLVEE GEEEKSKITE QNNGSTKSIK KMKHKAKKEE NNFSNDSSKV TKELEKTDYI HVRARRGQAT DSHSIAERVR REKISERMKF 201: LQDLVPGCDK ITGKAGMLDE IINYVQSLQR QIEFLSMKLA IVNPRPDFDM DDIFAKEVAS TPMTVVPSPE MVLSGYSHEM VHSGYSSEMV NSGYLHVNPM 301: QQVNTSSDPL SCFNNGEAPS MWDSHVQNLY GNLGV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)