AT4G24390.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.776 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNI-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RNI-like superfamily protein; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: auxin F-box protein 5 (TAIR:AT5G49980.1); Has 1708 Blast hits to 1373 proteins in 117 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 531; Fungi - 30; Plants - 1073; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 72 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:12613909..12615966 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 69503.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 623 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTEEDSSAKM SEDVEKYLNL NPPCSSSSSS SSAATFTNKS RNFKSSPPPC PDHVLENVLE NVLQFLTSRC DRNAVSLVCR SWYRVEAQTR LEVFIGNCYS 101: LSPARLIHRF KRVRSLVLKG KPRFADFNLM PPNWGAQFSP WVAATAKAYP WLEKVHLKRM FVTDDDLALL AESFPGFKEL TLVCCEGFGT SGIAIVANKC 201: RQLKVLDLME SEVTDDELDW ISCFPEGETH LESLSFDCVE SPINFKALEE LVVRSPFLKK LRTNRFVSLE ELHRLMVRAP QLTSLGTGSF SPDNVPQGEQ 301: QPDYAAAFRA CKSIVCLSGF REFRPEYLLA ISSVCANLTS LNFSYANISP HMLKPIISNC HNIRVFWALD SIRDEGLQAV AATCKELREL RIFPFDPRED 401: SEGPVSGVGL QAISEGCRKL ESILYFCQNM TNGAVTAMSE NCPQLTVFRL CIMGRHRPDH VTGKPMDDGF GAIVKNCKKL TRLAVSGLLT DEAFSYIGEY 501: GKLIRTLSVA FAGNSDKALR YVLEGCPKLQ KLEIRDSPFG DVGLRSGMHR YSNMRFVWLS SCLISRGGCR GVSHALPNVV VEVFGADGDD DEDTVTGDYV 601: ETLYLYRSLD GPRKDAPKFV TIL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)