AT5G45260.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Disease resistance protein (TIR-NBS-LRR class) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Confers resistance to Ralstonia solanacearum. Similar to NBLS-TIR resistance genes,and also contains similarity to transcription factors. Interacts with pathogen effector protein AvrPop2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RESISTANT TO RALSTONIA SOLANACEARUM 1 (RRS1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-binding WRKY (InterPro:IPR003657), NB-ARC (InterPro:IPR002182), Disease resistance protein (InterPro:IPR000767), Toll-Interleukin receptor (InterPro:IPR000157); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Disease resistance protein (TIR-NBS-LRR class) (TAIR:AT5G45050.1); Has 19764 Blast hits to 15744 proteins in 620 species: Archae - 2; Bacteria - 1944; Metazoa - 284; Fungi - 50; Plants - 17133; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 347 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:18326277..18332229 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 145887.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1288 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MTNCEKDEEF VCISCVEEVR YSFVSHLSEA LRRKGINNVV VDVDIDDLLF KESQAKIEKA GVSVMVLPGN CDPSEVWLDK FAKVLECQRN NKDQAVVSVL 0101: YGDSLLRDQW LSELDFRGLS RIHQSRKECS DSILVEEIVR DVYETHFYVG RIGIYSKLLE IENMVNKQPI GIRCVGIWGM PGIGKTTLAK AVFDQMSSAF 0201: DASCFIEDYD KSIHEKGLYC LLEEQLLPGN DATIMKLSSL RDRLNSKRVL VVLDDVRNAL VGESFLEGFD WLGPGSLIII TSRDKQVFCL CGINQIYEVQ 0301: GLNEKEARQL FLLSASIKED MGEQNLQELS VRVINYANGN PLAISVYGRE LKGKKKLSEM ETAFLKLKRR PPFKIVDAFK STYDTLSDNE KNIFLDIACF 0401: FQGENVNYVI QLLEGCGFFP HVEIDVLVDK CLVTISENRV WLHKLTQDIG REIINGETVQ IERRRRLWEP WSIKYLLEYN EHKANGEPKT TFKRAQGSEE 0501: IEGLFLDTSN LRFDLQPSAF KNMLNLRLLK IYCSNPEVHP VINFPTGSLH SLPNELRLLH WENYPLKSLP QNFDPRHLVE INMPYSQLQK LWGGTKNLEM 0601: LRTIRLCHSH HLVDIDDLLK AENLEVIDLQ GCTRLQNFPA AGRLLRLRVV NLSGCIKIKS VLEIPPNIEK LHLQGTGILA LPVSTVKPNH RELVNFLTEI 0701: PGLSEELERL TSLLESNSSC QDLGKLICLE LKDCSCLQSL PNMANLDLNV LDLSGCSSLN SIQGFPRFLK QLYLGGTAIR EVPQLPQSLE ILNAHGSCLR 0801: SLPNMANLEF LKVLDLSGCS ELETIQGFPR NLKELYFAGT TLREVPQLPL SLEVLNAHGS DSEKLPMHYK FNNFFDLSQQ VVNDFLLKTL TYVKHIPRGY 0901: TQELINKAPT FSFSAPSHTN QNATFDLQSG SSVMTRLNHS WRNTLVGFGM LVEVAFPEDY CDATDVGISC VCRWSNKEGR SCRIERKFHC WAPWQVVPKV 1001: RKDHTFVFSD VNMRPSTGEG NDPDIWAGLV VFEFFPINQQ TKCLNDRFTV RRCGVRVINV ATGNTSLENI ALVLSLDPVE VSGYEVLRVS YDDLQEMDKV 1101: LFLYIASLFN DEDVDFVAPL IAGIDLDVSS GLKVLADVSL ISVSSNGEIV MHSLQRQMGK EILHGQSMLL SDCESSMTEN LSDVPKKKKK HSESRVKKVV 1201: SIPAIDEGDL WTWRKYGQKD ILGSRFPRGY YRCAYKFTHG CKATKQVQRS ETDSNMLAIT YLSEHNHPRP TKRKALADST RSTSSSIC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)