AT2G21060.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : glycine-rich protein 2B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
glycine-rich protein (AtGRP2b) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
glycine-rich protein 2B (GRP2B); FUNCTIONS IN: DNA binding, zinc ion binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), Cold-shock conserved site (InterPro:IPR019844), Zinc finger, CCHC retroviral-type (InterPro:IPR013084), Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), Cold shock protein (InterPro:IPR011129), Zinc finger, CCHC-type (InterPro:IPR001878), Cold-shock protein, DNA-binding (InterPro:IPR002059); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glycine rich protein 2 (TAIR:AT4G38680.1); Has 124576 Blast hits to 52040 proteins in 3306 species: Archae - 178; Bacteria - 46955; Metazoa - 35565; Fungi - 6939; Plants - 11254; Viruses - 1676; Other Eukaryotes - 22009 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:9036983..9037588 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 19078.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 201 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSGGGDVNMS GGDRRKGTVK WFDTQKGFGF ITPSDGGDDL FVHQSSIRSE GFRSLAAEES VEFDVEVDNS GRPKAIEVSG PDGAPVQGNS GGGGSSGGRG 101: GFGGGGGRGG GRGGGSYGGG YGGRGSGGRG GGGGDNSCFK CGEPGHMARE CSQGGGGYSG GGGGGRYGSG GGGGGGGGGL SCYSCGESGH FARDCTSGGA 201: R |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)