AT4G02450.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : HSP20-like chaperones superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
HSP20-like chaperones superfamily protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: CS-like domain (InterPro:IPR007052), HSP20-like chaperone (InterPro:IPR008978), CS domain (InterPro:IPR017447); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: HSP20-like chaperones superfamily protein (TAIR:AT3G03773.1); Has 51861 Blast hits to 12232 proteins in 1049 species: Archae - 75; Bacteria - 28612; Metazoa - 10233; Fungi - 1929; Plants - 4069; Viruses - 438; Other Eukaryotes - 6505 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:1073987..1075765 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25472.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 241 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSRHPEVKWA ETTEKIFLTV VLADTKDTKV NLDPEGVFDF SAKVGPENHV YELKLELADK VNVEESKINI GERSIFCIIE KAEPERWNKL LRVKKPPHYV 101: KVDWDKWVDE DDEGSAGAAD MDMAGMEGMG GMGGMGGMGG MGGMGGMGGM GGMEGMDFSK LMGGMGGMGG MGGLEGLGGM GGMGGMGGMG GMGGMEEFED 201: SDDEEETAKS GDKKDDAVKE EGLATEKAPA AEETTSVKED K |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)