AT4G38680.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : glycine rich protein 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a glycine-rich protein that binds nucleic acids and promotes DNA melting. Its transcript and protein levels are up-regulated in response to cold treatment with protein levels peaking earlier in shoots (~10-14 days) than in roots (~21 days). It is normally expressed in meristematic regions and developing tissues where cell division occurs. RNAi and antisense lines with lower levels of CSP2/GRP2 transcripts flower earlier than wild type plants and have some defects in anther and seed development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
glycine rich protein 2 (GRP2); FUNCTIONS IN: double-stranded DNA binding, mRNA binding, single-stranded DNA binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: stamen development, vegetative to reproductive phase transition of meristem, response to cold, seed development, DNA duplex unwinding; LOCATED IN: nucleolus, nucleus, plasma membrane, cytoplasm; EXPRESSED IN: 37 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), Cold shock protein (InterPro:IPR011129), Cold-shock conserved site (InterPro:IPR019844), Zinc finger, CCHC-type (InterPro:IPR001878), Cold-shock protein, DNA-binding (InterPro:IPR002059); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glycine-rich protein 2B (TAIR:AT2G21060.1); Has 150401 Blast hits to 55289 proteins in 3379 species: Archae - 285; Bacteria - 51625; Metazoa - 48133; Fungi - 9113; Plants - 13783; Viruses - 1771; Other Eukaryotes - 25691 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:18072240..18072851 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 19154.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 203 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSGDNGGGER RKGSVKWFDT QKGFGFITPD DGGDDLFVHQ SSIRSEGFRS LAAEEAVEFE VEIDNNNRPK AIDVSGPDGA PVQGNSGGGS SGGRGGFGGG 101: RGGGRGSGGG YGGGGGGYGG RGGGGRGGSD CYKCGEPGHM ARDCSEGGGG YGGGGGGYGG GGGYGGGGGG YGGGGRGGGG GGGSCYSCGE SGHFARDCTS 201: GGR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)