AT2G17870.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cold shock domain protein 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes COLD SHOCK DOMAIN PROTEIN 3 (CSP3), involved in the acquisition of freezing tolerance. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cold shock domain protein 3 (CSP3); FUNCTIONS IN: DNA binding, zinc ion binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: response to cold, DNA duplex unwinding; LOCATED IN: nucleus, cytoplasm; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), Cold-shock conserved site (InterPro:IPR019844), Zinc finger, CCHC retroviral-type (InterPro:IPR013084), Cold shock protein (InterPro:IPR011129), Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), Zinc finger, CCHC-type (InterPro:IPR001878), Cold-shock protein, DNA-binding (InterPro:IPR002059); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cold shock domain protein 1 (TAIR:AT4G36020.1); Has 72472 Blast hits to 41123 proteins in 2889 species: Archae - 51; Bacteria - 27281; Metazoa - 11105; Fungi - 2852; Plants - 6181; Viruses - 14957; Other Eukaryotes - 10045 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:7764276..7765181 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29566.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 301 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAMEDQSAAR SIGKVSWFSD GKGYGFITPD DGGEELFVHQ SSIVSDGFRS LTLGESVEYE IALGSDGKTK AIEVTAPGGG SLNKKENSSR GSGGNCFNCG 101: EVGHMAKDCD GGSGGKSFGG GGGRRSGGEG ECYMCGDVGH FARDCRQSGG GNSGGGGGGG RPCYSCGEVG HLAKDCRGGS GGNRYGGGGG RGSGGDGCYM 201: CGGVGHFARD CRQNGGGNVG GGGSTCYTCG GVGHIAKVCT SKIPSGGGGG GRACYECGGT GHLARDCDRR GSGSSGGGGG SNKCFICGKE GHFARECTSV 301: A |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)