AT3G58510.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DEA(D/H)-box RNA helicase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
DEA(D/H)-box RNA helicase family protein; FUNCTIONS IN: helicase activity, ATP-dependent helicase activity, ATP binding, nucleic acid binding; LOCATED IN: nucleolus, peroxisome, plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA helicase, DEAD-box type, Q motif (InterPro:IPR014014), DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal (InterPro:IPR011545), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein (TAIR:AT2G42520.1); Has 89639 Blast hits to 57959 proteins in 3433 species: Archae - 859; Bacteria - 32130; Metazoa - 25406; Fungi - 6817; Plants - 10992; Viruses - 755; Other Eukaryotes - 12680 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:21640608..21643464 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 66029.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 612 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSASWADVAD SEKAVSQSKP PYVPPHLRNR PSEPVAAPLP QNDHAGYGGQ PAGSRWAPPS SGGGGASGGG YRNDGGRTGY GYGAGGGGGG GGGWNNRSGG 101: WDRREREVNP FGDDAELEPV FTEQENTGIN FDAYEDIPVE TSGGDVPPPV NTFADIDLGD ALNLNIRRCK YVRPTPVQRH AIPILLAERD LMACAQTGSG 201: KTAAFCFPII SGIMKDQHVE RPRGSRAVYP FAVILSPTRE LACQIHDEAK KFSYQTGVKV VVAYGGTPIH QQLRELERGC DILVATPGRL NDLLERARVS 301: MQMIRFLALD EADRMLDMGF EPQIRKIVEQ MDMPPRGVRQ TMLFSATFPS QIQRLAADFM SNYIFLAVGR VGSSTDLITQ RVEFVQESDK RSHLMDLLHA 401: QRETQDKQSL TLVFVETKRG ADTLENWLCM NEFPATSIHG DRTQQEREVA LRSFKTGRTP ILVATDVAAR GLDIPHVAHV VNFDLPNDID DYVHRIGRTG 501: RAGKSGIATA FFNENNAQLA RSLAELMQEA NQEVPEWLTR YASRASFGGG KKRSGGRFGG RDFRREGSYS RGGGGGGGGG GSDYYGGGGY GGGGYGGAPS 601: GGYGAGVTSA WD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)