AT5G08070.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : TCP domain protein 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
TCP gene involved in heterochronic control of leaf differentiation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TCP domain protein 17 (TCP17); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor, TCP (InterPro:IPR005333), Transcription factor TCP subgroup (InterPro:IPR017887); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: TEOSINTE BRANCHED 1, cycloidea and PCF transcription factor 5 (TAIR:AT5G60970.1); Has 1349 Blast hits to 1349 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 1349; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:2584885..2585613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27413.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 242 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGIKKEDQKS SLSLLTQRWN NPRIVRVSRA FGGKDRHSKV CTVRGLRDRR IRLSVMTAIQ VYDLQERLGL SQPSKVIDWL LEVAKNDVDL LPPLQFPPGF 101: HQLNPNLTGL GESFPGVFDL GRTQREALDL EKRKWVNLDH VFDHIDHHNH FSNSIQSNKL YFPTITSSSS SYHYNLGHLQ QSLLDQSGNV TVAFSNNYNN 201: NNLNPPAAET MSSLFPTRYP SFLGGGQLQL FSSTSSQPDH IE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)