AT3G16160.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Tesmin/TSO1-like CXC domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Tesmin/TSO1-like CXC domain-containing protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tesmin/TSO1-like, CXC (InterPro:IPR005172); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tesmin/TSO1-like CXC domain-containing protein (TAIR:AT5G25790.1); Has 1133 Blast hits to 675 proteins in 89 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 323; Fungi - 0; Plants - 372; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 438 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:5473366..5475090 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41201.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 368 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTGNADSGKI ATEKDPRKLV FTKLEVSPVF RESPVKELPL FPPISREHSE AKDKTDEEGI TSRKHKGCRC KQSKCLKLYC DCFASGVVCT DCDCVDCHNN 101: SEKCDAREAA MVNVLGRNPN AFSEKALGSL TDNQCKAAPD TKPGLLSRGC KCKRTRCLKK YCECFQANLL CSDNCKCINC KNVSEAFQPP AFSAHNSPQV 201: YRRRRDRELT EWNSCPAPLF SIPDNSIQNA LGSPMSCSPK LPYRKKRSLM GYTSTLLPDL GDLCSLLVAA SESATTTAED QNRIFTKPDD KEAIELSSES 301: ESRNVEEEIQ SRGRLIELID VQYNGEEDSQ CKTKTSVNET DIYMEQERAV LETFRDCLQK FIKSRLES |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)