AT3G12130.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : KH domain-containing protein / zinc finger (CCCH type) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
KH domain-containing protein / zinc finger (CCCH type) family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, CCCH-type (InterPro:IPR000571), K Homology (InterPro:IPR004087), K Homology, type 1, subgroup (InterPro:IPR018111), K Homology, type 1 (InterPro:IPR004088); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: KH domain-containing protein / zinc finger (CCCH type) family protein (TAIR:AT5G06770.1); Has 1306 Blast hits to 1045 proteins in 139 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 726; Fungi - 40; Plants - 423; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 113 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:3864486..3866406 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25953.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 248 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDTRKRGRPE AGSFNSNGGG YKKSKQEMES YSTGLGSKSK PCTKFFSTSG CPFGENCHFL HYVPGGYNAV SQMTNMGPPI PQVSRNMQGS GNGGRFSGRG 101: ESGPGHVSNF GDSATARFSV DASLAGAIIG KGGVSSKQIC RQTGVKLSIQ DHERDPNLKN IVLEGTLEQI SEASAMVKDL IGRLNSAAKK PPGGGLGGGG 201: GMGSEGKPHP GSNFKTKICE RFSKGNCTFG DRCHFAHGEA ELRKSGIV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)