AT5G52040.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes an arginine/serine-rich splicing factor. transcript is alternatively spliced and is differentially expressed in different tissues (flowers, roots, stems, and leaves) examined. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ATRSP41; FUNCTIONS IN: RNA binding, nucleotide binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: nuclear mRNA splicing, via spliceosome, RNA splicing; LOCATED IN: spliceosomal complex; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: arginine/serine-rich splicing factor 35 (TAIR:AT4G25500.4); Has 506050 Blast hits to 500572 proteins in 22103 species: Archae - 10893; Bacteria - 305035; Metazoa - 98290; Fungi - 14007; Plants - 29495; Viruses - 35939; Other Eukaryotes - 12391 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:21131081..21133318 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41283.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 356 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKPVFCGNFE YDARESDLER LFRKYGKVER VDMKAGFAFV YMEDERDAED AIRALDRFEY GRTGRRLRVE WTKNDRGGAG RSGGSRRSSS GLRPSKTLFV 101: INFDAQNTRT RDLERHFEPY GKIVNVRIRR NFAFIQYEAQ EDATRALDAT NSSKLMDKVI SVEYAVKDDD SRGNGYSPER RRDRSPDRRR RSPSPYRRER 201: GSPDYGRGAS PVAHKRERTS PDYGRGRRSP SPYKRARLSP DYKRDDRRRE RVASPENGAV RNRSPRKGRG ESRSPPPYEK RRESRSPPPY EKRRESRSPP 301: PYEKRRERSR SRSKSSPENG QVESPGQIME VEAGRGYDGA DSPIRESPSR SPPAEE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)