AT4G25500.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : arginine/serine-rich splicing factor 35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes an arginine/serine-rich splicing factor. transcript is alternatively spliced and is differentially expressed in different tissues (flowers, roots, stems, and leaves) examined. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
arginine/serine-rich splicing factor 35 (RSP35); FUNCTIONS IN: RNA binding, nucleotide binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: nuclear mRNA splicing, via spliceosome, RNA splicing; LOCATED IN: nuclear speck, spliceosomal complex; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein (TAIR:AT5G52040.2); Has 15818 Blast hits to 12132 proteins in 578 species: Archae - 10; Bacteria - 734; Metazoa - 9656; Fungi - 1783; Plants - 2169; Viruses - 46; Other Eukaryotes - 1420 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:13025168..13027243 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40321.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 350 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKPVFCGNFE YDAREGDLER LFRKYGKVER VDMKAGFAFV YMEDERDAED AIRALDRFEF GRKGRRLRVE WTKSERGGDK RSGGGSRRSS SSMRPSKTLF 101: VINFDADNTR TRDLEKHFEP YGKIVNVRIR RNFAFIQYEA QEDATRALDA SNNSKLMDKV ISVEYAVKDD DARGNGHSPE RRRDRSPERR RRSPSPYKRE 201: RGSPDYGRGA SPVAAYRKER TSPDYGRRRS PSPYKKSRRG SPEYGRDRRG NDSPRRRERV ASPTKYSRSP NNKRERMSPN HSPFKKESPR NGVGEVESPI 301: ERRERSRSSP ENGQVESPGS IGRRDSDGGY DGAESPMQKS RSPRSPPADE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)