AT1G09140.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SERINE-ARGININE PROTEIN 30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a serine-arginine rich RNA binding protein involved in regulation of splicing (including splicing of itself). Exists as 3 alternative spliced forms that are differentially expressed. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SERINE-ARGININE PROTEIN 30 (ATSRP30); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein (TAIR:AT1G02840.3); Has 10547 Blast hits to 8837 proteins in 431 species: Archae - 0; Bacteria - 274; Metazoa - 6368; Fungi - 1180; Plants - 1529; Viruses - 86; Other Eukaryotes - 1110 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:2942887..2945818 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30387.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 268 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSRWNRTIY VGNLPGDIRK CEVEDLFYKY GPIVDIDLKI PPRPPGYAFV EFEDPRDADD AIYGRDGYDF DGCRLRVEIA HGGRRFSPSV DRYSSSYSAS 101: RAPSRRSDYR VLVTGLPPSA SWQDLKDHMR KAGDVCFSEV FPDRKGMSGV VDYSNYDDMK YAIRKLDATE FRNAFSSAYI RVREYESRSV SRSPDDSKSY 201: RSRSRSRGPS CSYSSKSRSV SPARSISPRS RPLSRSRSLY SSVSRSQSRS KSRSRSRSNS PVSPVISG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)