AT3G55460.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : SC35-like splicing factor 30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes an SC35-like splicing factor that is localized to nuclear specks. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SC35-like splicing factor 30 (SCL30); FUNCTIONS IN: RNA binding, nucleotide binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: response to oxidative stress, nuclear mRNA splicing, via spliceosome, RNA splicing; LOCATED IN: nuclear speck; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SC35-like splicing factor 30A (TAIR:AT3G13570.1); Has 999798 Blast hits to 999477 proteins in 36048 species: Archae - 21842; Bacteria - 604317; Metazoa - 201442; Fungi - 24075; Plants - 55248; Viruses - 69771; Other Eukaryotes - 23103 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:20561024..20563502 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29569.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 262 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRRYSPPYYS PPRRGYGGRG RSPPPPPPRR GYGGGGGGGG RRGSSHGSLL VRNIPLDCRP EELREPFERF GPVRDVYIPR DYYSGQPRGF AFVEFVDAYD 101: AGEAQRSMNR RSFAGREITV VVASESRKRP EEMRVKTRTR SREPSGSRDR SHGRSRSRSI SRSRSPRRPS DSRSRYRSRS YSPAPRRRGG PPRGEEDENY 201: SRRSYSPGYE GAAAAAPDRD RNGDNEIREK PGYEAEDRRR GGRAVSRSPS GSRSRSVEVS PR |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)