AT5G37720.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ALWAYS EARLY 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ALWAYS EARLY 4 (ALY4); FUNCTIONS IN: nucleotide binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: nucleolus; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein (TAIR:AT1G66260.2); Has 8810 Blast hits to 7454 proteins in 559 species: Archae - 0; Bacteria - 678; Metazoa - 4105; Fungi - 1555; Plants - 1582; Viruses - 59; Other Eukaryotes - 831 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:14981805..14983978 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30437.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 12.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 288 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSGALNMTLD EIVKRGKTAR SGGRGISRGR GRGRGGGGRG AGPARRGPLA VNARPSSFTI NKPVRRVRSL PWQSGLFEDG LRAAGASGVE VGTRLHVTNL 101: DQGVTNEDIR ELFSEIGEVE RYAIHYDKNG RPSGTAEVVY PRRSDAFQAL KKYNNVLLDG RPMRLEILGG NNSSEAPLSG RVNVNVTGLN GRLKRTVVIQ 201: QGGGGRGRVR GGRGGRGPAP TVSRRLPIHN QQGGGMRGGR GGFRARGRGN GGRGRGGGRG NGKKPVEKSA ADLDKDLESY HADAMNTS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)